Jezuité přišli do Olomouce v lednu 1566 na pozvání biskupa Viléma Prusinovského. Generál řádu František Borja potvrdil založení koleje, schválené papežem Piem V. dne 22. dubna 1567. Jezuité získali minoritský klášter s kostelem sv. Františka z r. 1267, který až do r. 1712 stával na místě dnešního kostela Panny Marie Sněžné. Tovaryšstvo Ježíšovo vstoupilo do povědomí historie jako řád, jenž usiluje o pedagogickou činnost. Takto byla rovněž zamýšlena práce jezuitů v Olomouci, kterým zde byla svěřena univerzita založená v roce 1576. Tu spravovali až do zrušení řádu v roce 1773.

Jezuitský řád byl obnoven roku 1814, v Olomouci však začali jezuité opět působit až po pádu komunizmu. Od roku 1990 začali někteří vyučovat na obnovené Cyrilometodějské teologické fakultě Univerzity Palackého nebo byli spirituály arcibiskupského kněžského semináře. Od r. 1993 jim byla svěřena duchovní péče o společenství vysokoškolských studentů sdružených ve Vysokoškolském katolickém hnutí. Též jim byla svěřena duchovní správa kostela Panny Marie Sněžné.

V devadesátých letech bydleli jezuité v jednotlivých bytech domu Na Hradě 2, po rekonstrukci dvou kanovnických domů v Křížkovského ulici 2 a 4 se jezuitská komunita na počátku listopadu 1999 přestěhovala do své nové rezidence. Kromě vyučování na teologické fakultě a péče o vysokoškolskou farnost působí olomoučtí jezuité také v Centru Aletti, provozují teologicky zaměřenou knihovnu a vedou nakladatelství Refugium.